Elődeink 1990-ben jutottak fel az első osztályba, akkor még Nyíregyházi VSC néven, és az eltelt időszakban egyre markánsabb arculatot öltött volt együttesünk, aminek eredményeként az 1998/99-es bajnoki év végén 4. helyezést értek el, míg a Magyar Kupa küzdelmeiben bronzérmet szereztek. Ezen eredményeikkel régi vágyukat érték el: a csapat története során először kiléphetett a nemzetközi kupa színterére, és a City kupában két mérkőzést játszott 1999 őszén. Az első ízben, a hosszú bajnoki szünet kihasználására kiírt Liga kupát pedig megnyerték.

A csapat az azóta eltelt idő alatt szerepelt a Nemzeti Bajnokság I. osztályában, de 2001 májusában régi egyesületünk már a bajnokságot sem tudta befejezni, és ezek után teljesen új alapokra kellett helyezni. 2001. június 26-án egy nagyon lelkes vállalkozói kör, a Megyei Kézilabda Sportszövetség, valamint nem utolsósorban városunk önkormányzata segítségével egy teljesen más szemléletű egyesületet hoztunk létre Szabolcs Kézilabda Sportegyesület néven. Az új egyesület főleg helyi lakosú fiatalokra épített, és gazdasági lehetőségeit figyelembe véve csak amatőr szinten indult el az NB I/B-s bajnokságban.

A 2001/2002 bajnoki évben kizárólagosan csak ifi korosztályra támaszkodva csapatunk ősszel remek harmadik helyezést ért el, tavasszal pedig hatodik helyezettek lettünk.

2002/2003 bajnoki évben szintén ezen ifi játékosokra támaszkodva, de már két, külföldi állampolgárságú magyar játékossal, valamint régi nyíregyházi, volt NB I-es játékosokkal tíz fordulón keresztül veretlenül, majd a bajnokságot összességében huszonkét győzelemmel, egy döntetlennel és négy vereséggel megnyertük a 2002/2003 NB I/B férfi kézilabdacsapatok keleti csoportját.